蛋白和多肽是由多个氨基酸组成的大分子，其作为治疗候选药物具有很高的潜力。目前，由于这些治疗性蛋白和肽产品都表现出极低的生物利用度，大多数销售的治疗性蛋白和多肽都是肠外制剂。为了更好进行给药，药剂科学家一直在寻求设计一种可口服的系统，使生物利用度最大化，从而降低所需剂量。蛋白和多肽口服给药的设计策略可分为两大类：对蛋白和多肽自身进行化学修饰和在制剂设计中进行修饰。

蛋白质和肽疗法是生物制药中最难以捉摸的类别之一，但也是发展最快的类别之一，越来越多的口服药物基团进入临床和临床前试验阶段。但蛋白质和多肽固有的物理化学特性使其递送到靶点具有挑战性，特别是当设计一个非侵入性药物递送系统时。近年来，生物制药市场飞速发展，传统的体外药物筛选方法浪费了大量的宝贵资源和时间，因此进入湿实验室之前使用计算机模拟筛选逐渐成为一个值得信赖的方法。基于结构的计算机模拟方法来研究蛋白质和肽治疗的分子间和分子内的相互作用是一种广泛接受的分析方法。不仅如此，采用计算机模拟方法可以在分子水平上了解肽与辅药在生理微环境中的相互作用，从而研究现有辅药在防止酶降解和扩大肠道吸收方面的作用。然而，这种方法也存在着缺点，如为了设计新的蛋白质或多肽，需要进行同源性建模；另一个缺点是用于计算研究的资源可用性。与硬件、软件和安装设施相关的重要资源增加了费用，因此为了促进计算机模拟研究的顺利进行，需要开发先进的生物分子建模软件产品。（来源：分子设计）